蛋白质组学可以克服核酸水平预测的不确定性、反映核酸翻译后修饰情况。
01.常用技术
1. 非靶向蛋白组学
1.1 蛋白质定性（胶条鉴定和溶液鉴定）
1.2 高通量定量蛋白组（Label free、 iTRAQ/TMT 和 DIA 定量）
1.3 多肽组学
2. 靶向蛋白组（PRM 靶向蛋白/肽段定量）
3. 修饰蛋白组学（定量磷酸化修饰组学、定量糖基化修饰蛋白组学、定量乙酰化修饰蛋白组学和定量泛素化修饰蛋白组学）
4. 互作蛋白组学（代谢物与蛋白互作研究）
02.仪器平台
03.蛋白序列数据库
最常用 Uniport 数据库，第二优先级是 GeneBank/NCBI 数据库，最次选择 RNA sequence 序列信息进行氨基酸转换。
04.搜索软件
Proteome Discovery、Mascot、SEQUST、MaxQuant
05.基本流程
最常用 Uniport 数据库，第二优先级是 GeneBank/NCBI 数据库，最次选择 RNA sequence 序列信息进行氨基酸转换。
04.搜索软件
Proteome Discovery、Mascot、SEQUST、MaxQuant
05.基本流程
06.分析结果展示
1. 基础分析
数据预处理
差异表达蛋白筛选
2. 常规数据分析
主成分分析
火山图分析
层次聚类分析
3.功能分析
COG 注释分析
亚细胞定位分析
GO 注释富集分析
KEGG 注释富集分析
PPI 网络构建分析
4.修饰蛋白特有分析
Motif 分析
激酶（kinase）预测分析